सचिव के पद पर भारतीय प्रशासनिक सेवा या मध्यप्रदेश राज्य प्रशासनिक सेवा के वरिष्ठ अधिकारी पदस्थ होते हैं, जिन पर आयोग के समस्त प्रशासनिक एवं वित्तीय कार्यों के निर्वाह का दायित्व होता है। उन्हें आयोग की प्रशासनिक और वित्तीय गतिविधियों के संचालन के लिए आयोग के समस्त अधिकारियों एवं कर्मचारियों द्वारा सहायता/सहयोग दिया जाता है। आयोग के आहरण वितरण के अधिकार अनुभाग अधिकारी को सौंपे गए हैं। आयोग को प्रतिवर्ष उसका खर्च चलाने के लिये शासन से वार्षिक बजट प्राप्त होता है जिसका व्यय लेखा आयोग द्वारा प्रतिवर्ष शासन को प्रस्तुत किया जाता है। संचालक, पिछड़ा वर्ग एवं अल्पसंख्यक कल्याण आयोग के बजट नियंत्रणकर्ता अधिकारी हैं।

अपनी प्रक्रिया स्वयं विनियमित करने का विशेषाधिकार

चूंकि आयोग मध्यप्रदेश विधानसभा द्वारा पारित मध्यप्रदेश राज्य अल्पसंख्यक आयोग अधिनियम-1996 के तहत गठित संस्था है, जिसे नियम 8.2 के तहत अपनी प्रक्रिया स्वयं ही विनियमित करने का अधिकार है। अतः आयोग की नीतियों के क्रियान्वयन के लिए प्रथक से कोई समिति, उप-समिति या मण्डल नहीं है, जिनकी सहायता से आयोग की गतिविधियों का संचालन होता हो। आयोग की प्रतिमाह होने वाली मासिक बैठक में आयोग उपरोक्त अधिनियम के अंतर्गत की जाने वाली कार्यवाही के लिए स्वयं निर्णय लेता है। अलग से आयोग की समितियां, परिषदें और मण्डल नहीं हैं, जिनकी कार्यवाही आम जनता के लिए उपलब्ध रहती हो या जो गोपनीयता की सीमा में न आती हों। आयोग अधिनियम 1996 के अंतर्गत अपनी कार्यवाही का संचालन करता है जिनकी प्रक्रिया वह स्वयं निर्धारित करता है।